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All’avvio il programma si presenta con una semplice interfaccia composta da:

  1. Barra degli strumenti: Tutti gli strumenti principali sono contenuti in questa barra.
  2. Barra Rapida: Contiene gli strumenti di utilizzo più comune.
  3. Funzione Obiettivo: Permette di impostare la funzione obiettivo da massimizzare.

 

Creazione di un modello

La creazione di un modello avviene inserendo metaboliti tramite il tasto rapido Aggiungi Metabolita

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Che permette di creare un Metabolita ed eventualmente di impostarlo come una Sorgente o Destinazione del flusso

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e collegandoli tra loro tramite il tasto rapido Reazione

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Gestione dei Vincoli

Tramite il Gestore dei Vincoli è possibile creare, eliminare e modificare i vincoli imposti al sistema

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Il gestore dei vincoli si presenta come una piccola finestra staccata dal programma centrale che permette di visualizzare e modificare i vincoli del sistema, ed è composta da

  1. Una barra di ricerca che permette di visualizzare solo i vincoli di interesse.
  2. Una lista modificabile di vincoli, che possono essere: Eliminati, Modificati o temporaneamente Abilitati\Disabilitati.
  3. Un pulsante per inserire nuovi vincoli.

Per semplificare la gestione dei vincoli e ridurre al minimo la possibilità di errore, tutte le modifiche apportate devono essere confermate tramite l’apposito pulsante Conferma.

N.B.

Le equazioni che descrivono il sistema vengono generate automaticamente, e non possono essere modificate dall’utente.

 

Modifica del Grafo

Una volta terminata la descrizione della rete metabolica è possibile agire sul grafo effettuando un doppio click sull’elemento che si vuole modificare.

 

Calcolare una funzione Obiettivo

Una volta realizzato un modello e descritta la funzione obiettivo è possibile lanciare la simulazione tramite l’apposito tasto Calcola

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Una volta terminati i calcoli il grafo imposterà l’intensità del colore delle reazioni in proporzione alla quantità di flusso che rappresentano.

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Last edited Feb 26, 2013 at 5:25 PM by AlbertoNuti, version 1

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